Les travaux du Fort furent décidés en 1689 et débutèrent vers 1691-1692, sous la direction de Siméon Garengeau, ingénieur en chef à Saint-Malo, sur le rocher de l'Islet, situé à environ 150 toises du château de Saint-Malo. Antérieurement sur l' Islet, existait un petit phare, le Pharillon, sorte de torchère où, les nuits de termpête, on allumait des matières résineuses.

Le rocher de l'Islet servit aussi de lieu d' éxécution. Là, s'élevaient les bois de la justice épiscopale et s'est également ici que se dressait le bûcher des grands criminels.

Plusieurs fois modifié jusqu' en 1743, le Fort Royal rendit d'éminents services à la défense de Saint-Malo.

Son armement comprenait 6 canons de 48 et 10 canons de 36. Il était géré par un Capitaine de navire, 3 Lieutenants, 160 canonniers, matelots, manoeuvres, et 2 canonniers entretenus par la Marine.

On aperçoit au Nord, ses batteries barbettes, ayant vues sur toute la rade. Au Sud, deux petits bastions avec embrasures battent le sillon et l' accès du Château par la grêve.

Aux différentes époques le fort de l'Islet porta les noms de Fort Royal, Fort Républicain, Fort Impérial et, depuis 1870 Fort National.

Dans le courant de l'après-midi du 6 août 1944, les allemands arrêtent tous les hommes de moins de 60 ans qu' ils trouvent dans l'Intra-Muros de Saint-Malo, désarment la police et la gendarmerie puis, attendent la marée basse pour faire ouvrir la porte du Fort National, sur lequel flotte le drapeau de la Croix Rouge, par son gardien Mr Thomas et son épouse afin d'y transférer 360 prisonniers dont le maire de la ville Mr. Briand.

Les Malouins restèrent emprisonnés jusqu'au 13 août à 20 heures moment ou les otages purent enfin quitter le Fort. Le mardi 8 août vers 20 heures 30, un obus est tombé sur le Fort National et on dénombre près de vingt victimes dont onze tués, sept autres décèderont à l'hôpital des suites de leurs blessures. .